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Quelle est l’allure de cette molécule dans l’espace à 3 dimensions (cf document open office pour dessin molécule)?

De ChimIST.

Image:Diphenylcyclohexane.gif

La connaissance de la structure tridimensionnelle d'une molécule nécessite de disposer de logiciels de modélisation moléculaire plus ou moins avancés pour effectuer un calcul d'énergie de la structure afin de minimiser cette énergie.

La suite ChemOffice offre divers modules de dessin, d'analyse et également un module de modélisation donnant un premier accès à du calcul de base, sans toutefois jouer dans la cour des vrais logiciels de modélisation moléculaire tels que Gaussian ou Amber. Il est également possible d'accéder à un premier niveau de minimisation d'énergie à partir du logiciel ACDLabs Chemsketch qui est en libre accès.


A l'aide du logiciel CHEMDRAW

Il faut donc dans un premier temps dessiner la molécule à l'aide du logiciel de dessin Chemdraw :


Image:DiphenylcyclohexaneCDX.JPG


... puis copier-coller dans le module de modélisation Chem3D


Image:Diphenylcyclohexane3D1.JPG


Il est alors nécessaire de demander au logiciel de minimiser l'énergie de la structure, ce qui revient à calculer la combinaison des valeurs d'angles permettant d'avoir la meilleure répulsion électrostatique et la tension minimale, donc l'énergie la plus basse :


Image:Diphenylcyclohexane3D2.JPG


Image:Diphenylcyclohexane3D3.JPG


Image:Diphenylcyclohexane3D4.JPG


A l'aide du logiciel CHEMSKETCH

On pourra aussi utiliser un logiciel libre de dessin moléculaire tel que Chemsketch qui possède un module de visualisation 3D.

Dessin de molécule avec chemsketch
copie dans le module de dessin 3D de chemsketch
Optimisation du dessin 3D de chemsketch
Possibilité de rotation libre du dessin 3D chemsketch
export du dessin en différents format 3D de chemsketch
Format de "matrice-Z"


Une matrice Z est une façon de décrire une molécule en fonction des atomes qui la constituent. Pour décrire cette molécule simplement à partir d'un atome de référence, on utilise des longueurs de liaison, des angles de valence et des angles dièdres. Cette matrice permet alors de définir simplement la position spatiale de tout atome constituant la molécule.